このエラーメッセージはアップロードされたPDFファイルの原稿サイズが、
MyISBNで指定されたサイズに合っていない時に出ます。

多くの原因はPDF変換ソフトによるものですが、
まずはどういったものが出力されているかを確認します。

PDFファイルを開いて、エラーが出ているページに移動します。
その後、そのページの用紙サイズを確認します。

check01

check02

このチェックした用紙サイズがMyISBNで指定されたものと異なっていませんか?
異なっていればそれがエラーの原因です。

Wordの用紙サイズやPDF変換ソフトの設定を見直してください。